デビュー年：１９９０年
運転区間：高徳線、徳島線、土讃線、鳴門線、牟岐線、ごめん・なはり線（土佐くろしお鉄道）
ＪＲ四国がローカル線の老朽車両取り替えのために製造した車両で、これまでに６０両近くが製造、投入されている。出入り口が３カ所有り、そのうち中央だけが両開きのドアで、車内はクロスシートとロングシートが点対称に配置。車体はステンレス製で、構造は７０００系電車によく似ている。
なお、近年のＪＲ四国の方針であるアンパンマン列車運転の一環として、１０００系にも前面や側面のトイレ窓などにアンパンマン達のシールが貼られている。けっして、誰かがイタズラで貼ったわけではないので、ご安心（？）を。
また、２００６年には新型気動車１５００形登場に伴い、これと連結可能するために改造を施した１２００形が登場。１５００形に合わせた緑系統の塗装へ変更されている。
