▼一般用（０番台）
デビュー年：１９９３（平成５）年
運行区間：長崎本線、唐津線、筑肥線、久大本線、豊肥本線、日田彦山線など
▼特急「海幸山幸」用（４００番台）
高千穂鉄道デビュー年：２００３（平成１５）年／ＪＲ九州デビュー年：２００９（平成２１）年
運行区間：日豊本線、日南線
ＪＲ九州のローカル線用に投入された車両で、一般用と、後に登場した特急仕様車の２タイプが存在。
普通列車用の０番台は、新潟鐵工所（現、新潟トランシス）製の第三セクター鉄道向け車両（ＮＤＣ 車体長１８ｍ）をベースにしているため、ＪＲ西日本キハ１２０系、茨城交通３７１０形、島原鉄道キハ２５００形などの兄弟車両が多い（ただし、キハ１２０系よりは車体長が長い）。車内は車端部がロングシートで、他はクロスシートである。
他のＪＲ九州の車両同様、車体に様々な英語のレタリングを施しているのが特徴。製造当初は、便所の設置が無かったが、２００５年までに全車に取り付けが完了している。
一方、特急用の４００番台は、２００３（平成１５）年に宮崎県の高千穂鉄道にて「トロッコ神楽用」に誕生した、新潟鐵工所（現、新潟トランシス）製の第三セクター鉄道向けレトロ車体の１８ｍ級気動車で、ＴＲ−４００形（４０１・４０２）として２両が誕生。同鉄道の廃線に伴いＪＲ九州へ譲渡され、キハ１２５形に編入の上で、２００９（平成２１）年１０月１０日より、日南線に新設された観光特急「海幸山幸」として運転を開始した。
これに伴い、外装と内装をＪＲ九州の車両デザイン等でお馴染みの水戸岡鋭治氏によって一新。「木のおもちゃのようなリゾート列車」がコンセプトデザインで、外観と内装に地元の飫肥杉を使用し、非常に明るく、そしてゆったりとしたデザインとなった。
