横須賀線、常磐線、成田線、東京メトロ東西線
膨大な数の通勤型・近郊型車両を保有するＪＲ東日本ならではの車両。
２０９系の登場以後、ＪＲ東日本は通勤型と近郊型という枠組みを撤廃する方向で動き始めていた。その第一弾がＥ２１７系で、近郊型としては初めて４ドアを採用し、外観上は車幅を除けば通勤型にしか見えなくなった。車内設備もグリーン車の存在や一部にセミクロスシートを採用したこともあったが、基本的にはロングシートであった。さらにその後、中央・総武緩行線に車幅を近郊型にあわせた２０９系５００番台が登場し、乗客の立場からすれば実質的に近郊型と通勤型の差はなくなった。
この２０９系９５０番台は２０９系を名乗ってはいたが、システム的にはまったく別物で、制御伝送装置ＴＩＭＳを採用し、高度にシステム化された高機能な車両であった。約１年の試験運用の後、量産車としてＥ２３１系が登場。量産が軌道に乗ったところで２０９系９５０番台はＥ２３１系９００番台に改称されている。
Ｅ２３１系はＴＩＭＳの採用で配線等が大幅に整理でき、コスト削減に大きく寄与している。また、近郊型としての性格も併せ持っているため、最高速度は１２０km/hに向上しているが、歯車比を通勤型と同じにしているため、回転数を向上させた主電動機を採用している。これは２０９系やＥ２１７系のものを改良したもので、お互いに互換性はある。
Ｅ２３１系はまず、総武中央緩行線に投入され、およそ２年ほどで同線の１０３系、２０１系、２０５系を駆逐してしまった。それとほぼ時を同じくして宇都宮線、高崎線にも投入された。こちらは近郊バージョンの１０００番台であり、先頭車の衝撃吸収構造などの特徴がある。こちらも速いペースで投入が進み、湘南新宿ラインの運転開始と同時に高崎線から１１５系を駆逐した。
さらに平成１４年には山手線用に５００番台、常磐線用の０番台が相次いで登場し、平成１５年には地下鉄東西線直通用の８００番台が登場した。Ｅ２３１系は引き続き東海道本線、伊東線の１１３系を追い出し、平成１８年度まで増備が続き、総数は２０００両をはるかに越え、ＪＲ化後に誕生した形式としては最多形式となる。
また、Ｅ２３１系は首都圏の私鉄各社にも大きな影響を与えており、相模鉄道では、そっくりそのまま導入したといっても過言ではない１００００系が登場。東急でも基本的な部品を共通して使用できる５０００系が登場している。
