デビュー年：１９９９（平成１１）年
運行区間：東海道本線、中央本線、篠ノ井線、御殿場線、身延線、飯田線、関西本線
ＪＲ東海管内で使用されていた車両は、国鉄から引き継いだ車両の中でも経年車が多かった。特に１６５系や１０３系はどの車両も老朽化が著しい状態で、１１３系も古い車両も多かった。一方で、大垣〜豊橋間の快速系統の更なる充実の必要があり、電車の大規模な置き換えを実施することとなった。この時投入されたのが３１３系で、まずは２年間で集中投入され、これらの老朽車両の多くを一気に置き換えた。
最初に登場したグループの車内設備は転換クロスシート車とセミクロスシート車に分けられ、主に輸送量の少ない山岳線区などにセミクロスシートの３０００番台が投入され、東海道の快速系統には転換クロスシートの０番台が投入された。
中央本線名古屋口には座席定員制の優等列車「セントラルライナー」用の車両も投入され、８０００番台となり、塗装が他車と変わり、目立つ存在となっている。さらに、愛知環状鉄道でも３１３系の設計を流用した車両が登場するなど中京圏の標準型としての地位を築いた。
そして平成１８年度より、いよいよ主に静岡周辺に残っていた１１３系・１１５系という国鉄型車両を一挙に淘汰するため、２００両以上の増備が行われ、種別・行先表示器のフルカラーＬＥＤ化や、車内座席をロングシートとした車両も登場している。
