デビュー年：１９７１（昭和４６）年 最高速度：１２０km/h
使用列車：雷鳥
元・使用列車：しらさぎ、加越、白山、あさま、そよかぜ、急行能登、ホームライナー鴻巣・古河など
運転区間：東海道本線、湖西線、北陸本線、上越線、高崎線、東北本線（宇都宮線）など
４８５系に、難所である群馬県〜長野県県境の碓氷峠において運転に必要な、電気機関車ＥＦ６３との協調運転装備を施したもの。ちょうど４８５系のボンネット製造後期から非貫通型製造時まで、並行して生産されたことから、両数は少ないながら、４８５系と全く同じ先頭車形状３タイプを持つ。
長野新幹線開業に伴い、碓氷峠が廃止されると、ＪＲ西日本では４８５系と混用されて運用されている他、１８３系に改造された車両もある。また、ＪＲ東日本の４８９系は特急「あさま」に運用され、専用塗装に塗られていたが、長野新幹線開業に伴い全車廃車となり消滅。
２０１０（平成２２）年３月改正まで、急行「能登」、及びホームライナー鴻巣、ホームライナー古河で運転され、定期列車で唯一上野に姿を現す４８５系・４８９系となっていた。これらの列車からの撤退により、いよいよボンネット型車両の定期運用が消滅した。
また、大阪〜金沢の特急「雷鳥」の一部に４８５系編成中に混じって運用される他、６８１系の代走で特急「はくたか」（越後湯沢〜金沢）にもボンネット型車両が運用され、多くのファンを楽しませている。
