旧国鉄の木原線を転換して開業した第三セクター鉄道で、１９８７（昭和６２）年７月に会社を設立し、翌年３月に国鉄木原線を引き継ぎ運行を開始した。ちなみに、木原線は現在の久留里線と接続して木更津に至る計画があったため、木更津の木と大原の原から取ってつけられた路線名。一方、「いすみ」とは漢字で書くと夷隅となり、沿線の夷隅町（現、いすみ市）から採った名前である。
なお、２００９年に鳥塚亮さんが社長に就任すると、積極的な魅力向上へ取り組みを開始。一時は存続の危機もあり、現在でも予断を許さないものの、オリジナル開発商品の開発や、ＪＲ糸魚川線のキハ５２形を導入し、観光の目玉とするなど、様々な価値創造に取り組んでいる。また、訓練費自己負担で運転士養成を募集し、実際に採用に至った例は大きな注目を集めた。
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