デビュー年：１９９７（平成９）年
運行区間：京阪本線、中之島線、鴨東線
ラッシュ時の特急は２扉の８０００系や３０００系で運転されていたが、混雑が酷く早急に輸送力増強と混雑緩和が求められていた。そのために登場したのが９０００系である。９０００系はラッシュ時の特急に使用するため車内は３扉のセミクロスシートとなり、通勤時に使用される事からつり革も設置された。車体は７２００系をベースにしながらも、通勤用との区別のためにパステルブルーのラインが追加されている。
その後、昼間の特急が１０分間隔で運転されるようになると９０００系は昼間の特急にも使用されるようになり、時刻表で３扉の表示がある特急は殆どが９０００系での運転である（検査時やK特急「おりひめ」は除く）。
