日豊本線は、宮崎・南宮崎双方を起点・終点とする列車が多く、また日南線・宮崎空港線直通の列車も多いため、この2駅間だけやけに本数が多い。特に、朝に至っては10分程度の間隔だったりする。朝以外の時間帯は、平均すれば、だいたい1時間に2本程度か。これに小倉、別府行きの
特急「にちりん」、鹿児島中央行きの
特急「きりしま」等が多数加わる。なお、特急「にちりん」は大分県の別府駅で
特急「ソニック」と同一ホームで接続し利便性がアピールされている。
宮崎空港線は、1時間に普通列車が2〜3本。このうち、半分程度は日豊本線の
特急「にちりん」などが、宮崎〜宮崎空港間を普通列車として直通するもの。なお、宮崎県北部の延岡市に旭化成がある関係で、出張によく使われる。
日南線は、1時間に1本程度。
のどかなローカル線で、青島までの運転が多い。
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