商業都市の大分、観光都市の別府は至近距離にあり、都市圏を形成している。
日豊本線は、一部時間帯を除き、1時間に2〜3本の割合で運転。ただし日中はワンマン運転も行われる。下りは幸崎、上りは亀川や杵築(中山香)までの運転が多く、上りはいずれも大分と別府は必ず結んでいる。また、下りの1時間に1本は大分県境の佐伯まで直通。なお、上りは小倉・博多方面へは
特急「ソニック」「にちりん」が普通列車よりも多く運転されている。
久大本線は、観光地である湯布院を持ち、1時間に1〜2本、たまには3本。大分近郊の区間列車も多いが、湯布院(駅名は由布院)にも1時間に1本は直通。また、
特急「ゆふ」「ゆふいんの森」「ゆふDX」(使用車両によって愛称が異なる)が運転されるほか、臨時でトロッコ列車も走る。なお、非電化路線。
豊肥本線は大分大学前駅がある関係で、大分近郊(中判田・三重町)では1時間に2〜3本運転。その先となると一気に運転本数は減り1時間か2時間に1本程度となる。また、
特急「九州横断特急」が熊本・八代経由で熊本県南部、肥薩線の人吉に3往復が直通(+1往復が熊本まで)。名前もさることながら、特急でありながら2両編成で運転されるときには、ワンマン運転というのがちと驚き。
この特急、元々は特急「あそ」(大分〜熊本)として運転されていたものを急行「くまがわ」(熊本〜人吉)と統合して2004年3月改正で登場した列車である。豊肥本線は全線を各駅停車で行くのはダイヤ上、時間のロスが大きすぎるため、熊本に行くには「九州横断特急」は非常に便利である。
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