１９６４（昭和３９）年１０月、日豊本線経由で東京〜大分を走る寝台特急として登場（寝台特急「みずほ」のうち、大分行きを分離）。愛称は、東海道新幹線開業で消える東京〜岡山〜宇野の１５１系特急「富士」の愛称を引き継いだもので、東京を視点に考えれば愛称が夜行列車に移動した感じである。
　翌年には西鹿児島（現・鹿児島中央）に運転区間が延長され、国鉄の最長距離列車に。１９７５年には２４系客車が投入された。しかし、さすがに運転区間が長かったため、１９８０年に東京〜宮崎に短縮。そして１９９０（平成２）年３月　南宮崎駅まで運行区間を1駅延長したが、利用客の低迷によって１９９７(平成９）年１１月に大分までの運転となった。そして１９９９年１２月には「さくら・はやぶさ」と共通の、２４系・１４系の併結編成へ。
　さらに２００５（平成１７）年３月改正では、東京〜門司を「はやぶさ」との併結運転へ移行。富士山の形をした特徴的なヘッドマークも、本州では見納めとなった。
　そして２００９（平成２１）年３月改正で廃止。「はやぶさ」と共に、伝統の東京〜九州寝台特急の歴史に幕を下ろすことになった。このページでは、「富士」単独時代の姿を紹介する。