デビュー年：１９９３(平成５）年
運転区間：南武線、京葉線、八高線、川越線、埼京線、りんかい線、
中央・総武線、常磐線、内房線、外房線、総武本線、成田線、東京メトロ千代田線など
元運行区間：京浜東北線、根岸線
| ●寿命半分は嘘ではなかった？ 車両更新のあり方に一石を投じた車両 |
首都圏に投入された大量の１０３系は平成に入ると老朽化が著しくなってきた。一部の車両は特別保全改造などで延命させることになったが、早晩新型車両の投入が必要になっていた。国鉄時代ならいざ知らず、財政的にも限られている「企業」としては、いかに安い車両を作るかが命題である。そのために設計から根本的に見直した車両が必要となった。この計画に基づいて試作されたのが９０１系電車で、この電車のデータを元に量産されたのが２０９系通勤型電車である。
この形式は設計の段階で基本的な寸法等は決定したが、細部の仕様については、製造メーカーの設備等を有効活用する意味で自由度を持たせており、発注した川崎重工と東急車輛では、製造方法も異なるなど、同じ形式ながら細部はかなり異なった仕様となっている。
２０９系は超軽量の電車で、付随車に至ってはわずかに２０ｔ程度の重さしかない。最新のＶＶＶＦインバータを採用するなど数々の新技術を導入し、コストダウンを図った。あまりにも切り詰めた設計を行ったため、初期には雨天時のブレーキの空走距離が伸びるなど初期故障に悩まされるが、地道な改良が実り、新時代のＪＲ東日本の標準型としての地位を確立していった。
９０１系はその後２０９系９００番台に編入され、多くが京浜東北線に投入された。その後総武中央緩行線には幅を広げた５００番台が登場、さらに地下鉄千代田線直通用に１０００番台も登場した。さらに、八高線高麗川以南電化時には川越線との直通用に３０００番台も登場している。
２０９系はＥ２３１系に発展することとなり、およそ１０００両程度で製造は終了したが、近郊型のＥ２１７系や交流用の７０１系等にもその設計思想は受け継がれ、他社の車両にも２０９系を基本とした車両が登場するなど、鉄道界に与えた影響は大きい。
ところで、平成１６年１０月のダイヤ改正で、東京臨海高速鉄道から一部の車両を購入したが、この車両がもともと２０９系と兄弟車に当たっていたため、ＪＲ東日本はこの車両を２０９系に編入し、さらにこのうちＭ車の不足分に関しては１０００番台以来となる新製となった。これらは３１００番台となっている。
こうして、寿命半分といいながらも、当面はＪＲ東日本を代表する通勤型電車として活躍を続けるように思われたが、Ｅ２３３系を京浜東北線・根岸線に投入が開始され、２００７年１２月より廃車が始まり、２０１０（平成２２）年１月に全車が引退した。
ただし、２００９（平成２１）年１０月１日改正より、京浜東北線から運用を離脱した２０９系を改造した２０９系２０００番台、２１００番台が登場。先頭車両の座席をセミクロスシートへ改造、２号車にトイレ設置など大規模な改造が行われ、千葉の１１３系、２１１系を置き換えるべく、続々と投入されている。
また、２０９系５００番台については新天地として中央・総武線へ復帰した車両、新たに京葉線へ転属した車両もある。さらに０番台については、試験・訓練車両に改造された車両も多い。
